Tous les Ducs de Bourgogne s'employèrent à réduire les liens de vassalité entre le Duché et la France voire oeuvrèrent aux tentatives d'annexion du royaume de France par la Bourgogne.
Le plus actif dans ce domaine fut Charles le Téméraire qui s'opposa par la force à son cousin le Roi Louis XI, mais ce dernier lui rendit coup pour coup.
Louis XI, Roi de France, et Charles le Téméraire, Comte de Charolais puis Duc de Bourgogne, étaient très proches pendant leur première jeunesse.
Devenus hommes responsables, ils s'opposèrent l'un à l'autre avec une même fougue et un même machiavélisme pendant une douzaine d'années, le premier voulant parvenir à établir l'unité dans le royaume, le second cherchant à se faire reconnaitre maître absolu de la Bourgogne, en fait sinon en droit.
En 1463, à peine monté sur le trône, Louis XI profita de l'éloignement de son cousin, qui n'etait encore que Comte de Charolais, fils du Duc de Bourgogne Philippe III "le Bon", pour acheter à ce dernier plusieurs villes de la Somme, dont Saint-Quentin, Amiens, Doullens, et quelques autres, afin de renforcer sa frontière du nord.
Charles ne put admettre ce qu'il considérait comme une traîtrise. Ces acquisitions donnèrent le départ à la série de luttes sanglantes qui ne se terminera qu'avec la mort du Téméraire en 1477.
La première insurection prétexta des mesures décidées par le Roi pour limiter à son profit les privilèges des nobles et de l'Eglise et prit le nom de "Ligue du Bien Public".
Sous le couvert d'un chef nominal, le propre jeune frère de Louis XI, Charles de France, l'organisation avait pour cerveau et stratège le Comte de Charolais, futur "Charles le Téméraire". Ce dernier coordonnait en particulier l'action de quatre armées venant de Flandres, de Bretagne, du Bourbonnais et de Lorraine qui se dirigèrent vers Paris.
Louis XI tenta de diviser la coalition, mais ne parvint à convaincre que le seul le Duc de Bourbon.
Le 16 juillet 1465 s'engagea la bataille de Monthléry aux résultats indécis. les troupes s'installèrent devant Paris qui résistait. D'adroites tractations marquèrnt le retour à la paix, mais aussi le recul de la Ligue comme celui de la royauté.
En 1468, les émissaires de Louis XI poussèrent à la révolte les habitants de la ville bourguignonne de Liège. Dans le même temps, le Roi de France n'hésita pas à se rendre à Péronne pour y rencontrer Charles le Téméraire.
Celui-ci apprenant, ou feignant d'apprendre le rôle tenu par son hôte vis à vis des liègeois, le fit prisonnier en lui imposant un humiliant traîté que Louis XI se hâta d'oublier une fois rentré à Paris.
En 1471/1472, les troupes royales, partant du Beaujolais, envahirent le Charolais et le Chalonnais. Il livrèrent en Bourgogne la bataille de Buxy, près de Chalon-sur-Saone.
En 1472, les armées de Charles le Téméraire occupèrent la Champagne, progressèrent vers l'ouest et investirent Beauvais. La ville se défendit farouchement, aidée par les localités voisines. Au bout d'un mois de siège, les Bourguignons se retirèrent. Louis XI dispensa les habitants de la "taille" pour avoir protégé avec succès la généralité de Paris.
En 1474, devant les Dijonnais, Charles exhorta à la lutte "pour le royaume de Bourgogne que ceux de France ont longtemps usurpé"
En 1475, profitant de l'absence de Charles le Téméraire qui assiégeait Neuss en Allemagne, Louis XI engaga une action par l'intermédiaire des troupes du Duc de Bourbon commandées par Béraud de l'Espinasse Seigneur de Combronde, dit "Béraud−Dauphin", à partir du Nivernais, Chatillon, Saint-Saulge et Corbigny.
Leurs avant-gardes parvinrent à entrer dans Château-Chinon le 5 juin. Le Maréchal de Bourgogne prit alors lui-même le commandement de l'armée qui contre-attaqua et reprit la ville.
Les français se replièrent sur Corbigny (du moins le pensait on !) et les Bourguignons s'engagèrent à leur poursuite au matin du mardi 20 juin 1475. Ils tombèrent dans "l'embuscade des champs d'Esguilly" et furent battus lors de la bataille de Montreuillon.
Les soldats nivernais et bourbonnais reprirent leur marche en contournant le Morvan par le sud (probablement par Moulins-Engilbert) : la région d'Autun fut saccagée.
Ils progressèrent ensuite vers le nord et ruinèrent les environs d'Auxerre pendant que Gilbert de Bourbon, Comte de Montpensier ravageait Cluny et Macon.
En août de la même année, Edouard IV d'Angleterre débarqua en France pour soutenir le Téméraire, mais Louis XI le rencontra pacifiquement et, avec quelques milliers d'écus d'or, le persuada de repartir.
le 13 septembre, Charles conclut une trêve de 9 ans avec le Roi, pourtant une lutte implacable se poursuivit par pays interposés.
Afin de faciliter ses liaisons entre ses territoires de Bourgogne et des Flandres, Charles le Téméraire annexa la Lorraine et chassa le Duc René II.
Il affronta ensuite les Suisses soutenus par le Roi de France, mais il fut battu à deux reprises en mars et juin 1476.
René II profita des circonstances pour récupérer son Duché et massacra l'armée bourguignonne près de Nancy le 4 janvier 1477. Le corps du Téméraire fut retrouvé dans un étang gelé, le visage à moitié dévoré par les loups.
Le dépeçage de la Bourgogne pouvait commencer : dès 1479, Maximillien de Habsbourg, époux de Marie de Bourgogne battit les français et fit main basse sur la partie Nord (actuel Bénélux et la Franche-Comté !). Ses successeurs Phillipe Ier "le beau", roi de Castille (1482-1506) et Charles Quint(1506-1556) consolidèrent ces aquis.
Il faudra attendre 1678 et le Traité de Nimègue pour que la Franche-Comté revienne à la France et 1793 pour que le Comté de Montbéliard la rejoigne volontairement.